新生儿外科随着多年的发展和积累，成功救治了大批患者。在省内率先开展了新生儿期巨结肠根治术、中高位肛门闭锁成形术、腹腔镜手术，目前本专业在省内处领先水平。本学科近年来一直承担着苏州、周边地区乃至全国的新生儿消化道先天畸形、实体肿瘤等疾病的诊治、科研和教学工作。婴幼儿手术后应激反应、新生儿胃肠外营养、新生儿脓毒血症等研究达到国内先进水平，获部级科技成果奖多项。本专业拥有主任医师2人，副主任医师2人，博士生导师1人，硕士生导师2人，享受国务院特殊津贴1人。近3年来，申请并获得国家自然科学基金面上项目2项，市技术创新项目1项。培养硕士近20名，博士6名。本专科对各类新生儿外科疾病的诊断和治疗具有丰富的经验，对极低体重、极不成熟儿的坏死性小肠结肠炎患儿的救治经验丰富。对于复杂的先天性消化道畸形的治疗及产前咨询有着大量的经验；对各种腹壁缺损、直肠肛门畸形的治疗经验丰富，远期效果满意。大量开展新生儿期腹腔镜手术，如Ladd’s术、先天性食管裂孔疝、肥厚性幽门狭窄等；同时对新生儿实体肿瘤有丰富诊治经验，如肝脏肿瘤，神经母细胞瘤，畸胎瘤、卵巢肿瘤等。本科室设备齐全，经验丰富，肛门直肠测压检查和直肠粘膜活检技术为先天性巨结肠和便秘的临床诊断和治疗提供了有效的帮助。目前我科与爱尔兰CORK大学医学院在新生儿期感染的基础和临床研究方面有长期稳定的合作。