北京大学口腔医院综合治疗二科成立于2008年，位于医院门诊楼六层西侧。科室共拥有口腔综合治疗台34台及一批先进的口腔治疗设备和器械，科内设牙体牙髓、修复、口腔颌面外科、牙周和儿童口腔等5个专业，每个专业均拥有具中高级职称、丰富临床经验和一定教学经历的医师组成的医师团队，承担医学院学生临床实习及住院医师规范化培训的教学任务。科室多专业集中，除可以完成口腔常见疾病的诊治工作外，还能对部分疑难病例进行治疗，并可以实现患者的科内会诊、科内转诊。2014年开始，科室推出"口腔综合号"，为初诊患者提供全面的检查、诊断及治疗设计，牙体、牙周、修复、口腔颌面外科的口腔常见疾病，均可在综合医师处完成，为患者提供"一站式"服务，避免了多科转诊带来的不便。为患者提供"保质方便"的治疗工作是科室的宗旨。北京大学口腔医院C楼综合二科于2016年3月1日正式开诊，所有医护人员由北京大学口腔医院总院派出。位于北京大学口腔医院第一门诊部C楼二层，由总院综合二科的医生轮流在C楼出诊，出诊医生现以主治医师和住院医师为主，治疗以综合诊疗为宗旨，注重全口综合设计和治疗，提供一站式口腔诊疗服务。专业特色综合治疗二科牙体牙髓病专业：龋病、牙外伤、牙齿发育异常、急慢性牙髓炎、急慢性根尖周炎的诊断和治疗。综合治疗二科修复专业：牙体缺损、牙列缺损、牙列缺失的固定及可摘义齿修复;前牙美容修复;牙周病的矫形治疗等。综合治疗二科口腔颌面外科专业：无保留意义牙齿的拔除;口腔颌面部软硬组织的小手术;口腔颌面部软硬组织外伤的诊治。综合治疗二科牙周病专业：牙龈炎、牙周炎的诊疗，包括常规洁治及系统治疗。牙周内窥镜下治疗为本科室特色。综合治疗二科儿童口腔科专业：乳牙及年轻恒牙的龋病预防(窝沟封闭);乳牙及年轻恒牙龋病、牙髓炎、根尖周炎、外伤的诊断和治疗。