合肥市第二人民医院药学部由广德路院区、和平路院区、长江东路院区药学部、I期临床研究中心（大兴社区医院）组成，现有药学专业技术人员98人，其中高级职称7人、中级职称40人，博士2人、硕士29人，有专职临床药师15人、临床药师带教师资5人。科室现为合肥市第六周期重点培育专科，国家卫健委、安徽省卫健委临床药师培训基地，药物、器械临床试验机构管理部门，安徽医科大学硕士生培养点，安徽医科大学、安徽中医药大学、蚌埠医科大学、皖南医学院药学实习基地，是集临床服务、科研、教学和管理为一体的服务于全院的医技科室。科室建筑面积5100余平方米，设有门急诊药房、中心药房、静脉用药集中调配中心、GCP药房、临床药学室、临床药师培训办公室、药学实验室、药学信息室、质量监控室、ADR监测办公室、GCP办公室、综合办公室及I期药物临床试验中心等多个部门，拥有自动发药机、全自动药品分包机、百级生物安全柜、百级水平层流台、Viva.E生化仪、高效液相色谱仪、冷冻高速离心机等一批先进仪器设备。科室日常工作主要是药品采购、保管、调配、临床药学服务、药事管理等，开展特色项目有：血药浓度监测、静脉用药集中调配、药学门诊、药物警戒、临床药师培训、药物临床试验研究。科室目前是安徽省药理学会药物临床评价专业委员会主委单位，合肥市药学会副理事长单位暨药事管理专业委员会主委单位，也是安徽省全科医学会临床药学分会、安徽省循证医学会循证药学分会副主委单位。近年来科室在教学、科研等方面取得了较好成绩，培养了30多名临床药师，获批国家青年自然科学基金一项，安徽省、合肥市、校级、院级科研课题多项，荣获安徽省科技进步三等奖一项、合肥市科技进步三等奖一项、安徽省中医药学会科技进步二、三等奖各一项，近年来发表SCI论文8篇，专利四项，多篇论文获安徽省药学会优秀论文奖。