病理学科是集医、教、研为一体的国家临床重点专科、卫生部肿瘤病理远程会诊省级中心；也是安徽省重点学科、历任安徽省病理学分会主任委员单位、安徽省临床病理质量控制中心挂靠单位、《临床与实验病理学杂志》编辑部所在地；是博士和硕士培养单位、医院高原学科。牵头组织编写了我国第一部《临床技术操作规范》（病理学分册）。现有消化道癌病理、乳癌病理、淋巴瘤病理、骨及软组织病理、法医病理等研究方向，也根据临床需求，逐步朝着一些特色亚专科方向发展。2010年以来，承担国家自然科学基金项目10余项，省自然科研基金项目10余项。近年来获安徽省科技奖2项。招收培养了一大批博士和硕士研究生。在国内较早创办了临床病理学专业，每年接受多名进修病理医师，为全国和安徽省培养了大批病理学高级人才，也培养了两批国外进修生。本科室是安徽省临床病理诊断、教学及科研的中心，具有较强的医疗服务和医疗技术辐射能力。目前，在复旦医院排行榜中，本科室每年均为华东区提名单位。