空军航空医学研究所附属医院眼科，作为飞行员训练中心的重点科室，重点保障飞行员的医学鉴定、训练和疾病诊治等任务。在此基础上眼科积极创新，努力提高业务水平，可满足病人的各种检查，在白内障、青光眼、泪道梗阻性疾病诊治方面具有明显优势；在屈光不正、斜弱视矫治训练、眼干燥症的治疗方面特色突出；对各种角膜结膜疾病、眼底疾病、眼眶疾病的诊治具有丰富的临床经验。眼科拥有先进的诊疗设备，其中德国蔡司眼底照相及造影系统、动态视野检察系统、前后节高清OCT检察系统、视网膜激光光凝治疗仪、美国爱尔康超声乳化仪、日本托普康眼科专业手术显微镜及影像系统等堪称国际一流。眼部各类手术均可开展，其中白内障超声乳化联合人工晶状体植入术、青光眼滤过性手术、人工泪管植入术、玻璃体腔注药术、玻璃体切割术等为眼科优势项目；在翼状胬肉改良切除联合干细胞移植术、眼睑整形修复术等独具专长。