中医科是一支由空军高层次科技人才为主体构建的医院重点发展科室，为国家中医药管理局、卫生部、总后勤部卫生部授予全国综合医院中医药工作示范单位。中医科主任医师1名，为国家名老中医药专家学术继承人，为空军高科技人才、北京市知名专家，被授予"军队中医药技术能手"及"全国首届杰出女中医师"等荣誉称号；副主任医师1名，为医学硕士，全军专业委员会委员、全国中医药高等教育学会儿科教育研究会理事；及2名医学博、硕士学位的高年资主治医师组成。中医科以针灸中药并用为特色，综合治疗内外妇儿等常见疾病；并在中医治疗基础上综合运用针灸、拔罐、手法按摩等方法治疗顽固性疑难杂症。擅长治疗：中风偏瘫、失语、耳聋耳鸣、面瘫、三叉神经痛、失眠症、单纯性肥胖、继发性肥胖、反复呼吸道感染、头痛等内科疾病；带状疱疹、皮炎湿疹、银屑病、白癜风初起等外科疾病；痛经、闭经、月经不调、更年期综合症等妇产科疾病；小儿消化不良、遗尿症、小儿腹泻、反复呼吸道感染等儿科疾病。中药包括中成药、中药饮片以及中药颗粒剂；针灸治疗包括特色眼针、毫针、芒针、三棱针、皮肤针、腕踝针、火针、穴位埋线、麦粒灸等特殊针灸技术，均取得了较好的疗效。现有中医诊室5个、针灸治疗室5个、中医体质辨识室1个以及中医"治未病"研究室。