南区内镜中心位于门诊部四楼北侧，它以高起点，高品质的姿态，伴随南区医院的成立而诞生。人性化的就诊环境，即到即做的服务承诺，使患者得到了优质高效的医疗服务。南区内镜中心拥有世界上最先进的日本OLYMPUS电子内镜诊治设备系统和一支业务素质高、内镜技术精湛、经验丰富的医护队伍，主治医师以上均能熟练掌握内镜技术。开业以来，以广泛开展无痛内镜检查和内镜下微创治疗为特点。尤其是在我省率先开展了无痛大肠镜和无痛气管镜检查治疗。消化内镜更是走在行业前沿，大力开展消化道大黏膜剥离术（ESD）、粘膜下肿瘤挖除术（ESE）、经隧道肿瘤挖除术（STER）、贲门失迟缓症经口内镜下贲门括约肌切断术（POEM）等，技术日渐成熟，具有较高的内镜诊治水平。