中医内科学教育部重点实验室（北京中医药大学）和北京市重点实验室（中医内科学）是以中医、中西医结合基础和临床应用基础研究、中医药现代化研究为主的实验基地。该实验室的前身是北京中医药大学东直门医院的气血研究实验室、中医脑病研究室和部分基础实验室人员于1998年联合建设成为"211工程"的学校级重点学科实验室，该实验室于2001年申报教育部重点实验室和北京市普通高校重点实验室，在2002年获批准而成为教育部第一个进行中医药科学研究的重点实验室和北京市的重点实验室。2005年9月国家教育部又对全国48个从事生命科学研究的部级重点实验室进行评估，在此次评估中，中医内科学教育部重点实验室被评为建设良好级实验室。中医内科学教育部重点实验室（北京中医药大学）和北京市重点实验室（中医内科学）首届主任是从事中西医结合心血管疾病应用基础研究的王硕仁研究员。实验室学术委员会由我国著名的中西医结合专家陈可冀院士任主任委员，我国著名的中医专家王永炎院士、我国著名的病理生理学专家唐朝枢教授任副主任委员，另有10名我国中医学、中药学和中西医结合专家任委员。实验室现共有科研人员32人，其中高级研究技术人员24人，他们分别组成了对脑病、心血管病、病毒类疾病、糖尿病并发症和肿瘤抗化疗耐药性研究的5个团队。目前实验室的仪器设备总价值为1078.48万元，拥有两千多平方米的实验空间。近5年来，中医内科学教育部重点实验室积极参加了国家科技部九五、十五、十一五计划中的973和863科学研究、主持承担了国家自然科学基金科研课题；获得国家科技进步二等奖1项，教育部科技进步一等奖3项，中华中医药学会科学技术一等奖1项；新药转让2项，获专利1项，出版专著2部，发表论文254篇，被SCI收录19篇，CA收录23篇，ISTP收录8篇。在《清开灵注射液多环节阻抑脑缺血级联反应药效物质与作用机理研究》中，脑病研究团队从脑中风多环节病理过程去设计药理靶点、进行清开灵注射液有效组分筛选、组成新方，并建立中药指纹图谱与病理多环节药理分析相结合的模式，突破以临床经验积累作为研制中药新药的单一模式，并有别于现代"洋中药"的设计。2004年该研究分别获得国家教育部和中华中医药学会科技进步一等奖。在中医虚证的研究中，实验室的心血管病研究团队在以往20年工作的基础上，创新性地建立了大鼠心肌梗死心力衰竭心气虚病证模型及其评价方法，对该心气虚证候的时相性、功能性和相关组织结构，进行了包括整体、组织、细胞和基因水平的研究，该研究于2004年分别获得教育部、北京市科技进步一等奖和二等奖。目前，中医内科学教育部重点实验室已培养出博士研究生、硕士研究生30余人、博士后5名。接受多家外单位研究人员、研究生在中医内科学教育部重点实验室工作。同时中医内科学教育部重点实验室也与国内外的一些著名大学或医院实验室保持着长期协作研究的联系，如哈佛大学医学院心血管病实验室、曼彻斯特大学神经科学中心、中国中医科学院、北京师范大学、北京市中医医院、北京中医药研究所、卫生部中日友好医院等。中医内科学教育部重点实验室和北京市重点实验室在今后的研究工作中，将力求扎扎实实地建立并有效实现实验室管理的现代化、规范化，走学术建设之路、技术建设之路，开放之路，将中医内科学教育部重点实验室（北京中医药大学）和北京市重点实验室（中医内科学）建设成为我国的从事生命科学研究的著名、可靠的中医科研基地。