中医科成立于建院之初，历史悠久，在一代代名老中医传、帮、带下得到了长足的发展，已建立起一支有专长、有层次、有特色的医疗队伍，承载着中医门诊、病房、院内各科室会诊及皖南医学院临床学院的教学工作，得到了广大患者及学生的认可与好评，2010年被评为"全国综合医院中医药工作示范单位"。中医各门诊全天应诊，病房设有中医内科20张床位，坚持纯中医治疗的理念，并开展中医护理工作。优势项目"中医内科"，通过长期探索，对冠心病、过敏性疾病、糖尿病、偏瘫、脑梗塞、脑出血后遗症、顽固性头痛等逐步形成了一套有效的治疗方案。对泌尿系结石、慢性肾炎水肿、蛋白尿的治疗疗效满意。在消化系统方面，如慢性肝炎、早期肝硬化、腹水、胁痛、胆结石、久治不愈的胃脘病（慢性胃炎、胃溃疡）、慢性腹泻（过敏性结肠炎、溃疡性结肠炎）的治疗上也取得了一定成绩。在皮肤瘙痒、荨麻疹、湿疹、带状疱疹、丹毒、痤疮、黄褐斑等方面结合传统方剂加以创新更显独到之出.对各种恶性肿瘤采取中药口服外敷，在提高肿瘤治愈率及远期生存率、放化疗增效减毒、改善生活质量、延长生存期等方面均取得良好的治疗效果。针对腰椎间盘突出症、颈椎病、膝骨关节炎等慢性疾病及各种骨外伤后遗症具有较好疗效。"中医妇科"在治疗月经不调，崩漏、闭经、痛经、习惯性流产、不孕不育、产后癃闭、缺乳、乳腺增生、产后综合征、更年期综合症、盆腔炎等疾病方面结合针灸、理疗突显中医治疗的特色。"中医儿科"对小儿脾虚症、咳嗽、哮喘、抽动症、遗尿、多动症、自汗盗汗等采用纯中药治疗，安全有效。"治未病门诊"，近几年，基于中医"治未病"的理论基础，中医科在中医预防保健方面也投入了大量精力，利用中医的整体观念对"亚健康状态"进行全面调理，疗效显著，能明显改善人体机能，提高免疫力，延缓衰老。