办公室是医院的综合职能部门，主要职能是负责医院综合管理工作，贯彻执行上级部门和院党政的指示、决定，做好协调和督促工作;负责起草全院性的党政工作计划、总结和报告，草拟、审核、印发医院党政文件；负责外来文件的收发登记、转递传阅、立卷归档和档案保管利用工作；负责印章的保管和使用，签发对外联系工作的介绍信、证明信等事宜；负责医院各类会议准备、会议记录整理及会议决议传达；负责公务用车派遣、公务接待管理等的行政管理工作；负责医院对内、对外宣传工作；负责统战、外事接待工作。1957年根据芜湖地委任职，院办公室设秘书、党办与院办合署办公直至文革开始，医院撤销。1973年医院恢复重建以后，办公室工作由政秘科（包括办公室、人事、保卫）兼管。1983年设办公室主任（副主任）。2017年，党委工作部成立，党建、宣传、统战职能划出。办公室现为院办、外办合署办公，下设综合档案室、文印室等直属部门。