皖南医学院第二附属医院工会成立于1986年（原宣城地区人民医院），首届职工代表大会于1997年召开。2012年11月2日，经省政府批准我院整体划转皖南医学院作为直属附属医院。2013年11月28日，工会正式隶属安徽省教育工会（现为安徽省教科文卫体工会），吴英群任工会主席，设工会委员会委员11人，有会员729人。2017年3月25日，第一届第一次职工代表大会暨工会会员代表大会选举产生职代会执行委员会和工会委员会委员11人，经费审查委员会委员3人，吴金庭任执委会主任，张红任执委会副主任、工会主席，谢云山任经费审查委员会主任。工会有干事2人，设临床1-9、医技1-2、行政1-4共15个工会小组，现有工会会员971人。在院党委和上级工会的领导下，工会紧紧围绕医院中心工作，坚持以职代会民主管理形式为基础；以服务职工为宗旨；以干部队伍建设为支撑；以文体活动为载体，扎实开展工作，实现维护、参与、教育、建设四大职能。医院工会2016年、2018年荣获省教科文卫体工会"先进集体"。