甘肃省中医院肿瘤外科是以采用中西医结合治疗肿瘤为主的专业性科室，科室是由1名主任医师、1名副主任医师和1名专业硕士组成的专家团队。科室目前开展了甲状腺癌根治术、乳腺癌根治术、贲门癌胃癌根治术、肝癌根治术、胆囊癌根治术、胆管癌根治术、胰腺癌根治术及结直肠癌根治术，血管损伤修补术、血管移植术、动静脉取栓术、透析用自体和人工血管的动静脉内瘘术。在甲状腺癌联合根治术（功能性颈淋巴结清扫术）、乳腺癌保乳手术、低位直肠癌保肛手术和腹腔镜结直肠癌根治术方面居于省内先进水平。科室对中晚期癌症患者采用手术配合中西药结合治疗和热疗、介入治疗等手段，提高了患者的生存率，减轻了患者的痛苦；甲状腺癌联合根治术（功能性颈淋巴结清扫术）、乳腺癌保乳手术、低位直肠癌保肛手术和腹腔镜结直肠癌根治术方面居于省内先进水平；在治疗重症胰腺炎方面采用中西医结合治疗配合中药外敷、针灸治疗，明显降低了患者的治疗费用、缩短了住院时间，居省内领先水平。乳腺专科特色方面主要是用乳腺癌保乳手术为年轻女性保留事业线，乳腺导管镜检查及治疗，乳腺麦默通微创旋切治疗，经乳晕切口行乳腺肿瘤切除术等，中西医结合治疗哺乳期乳腺炎、浆细胞性乳腺炎、肉芽肿性乳腺炎。甲状腺专科特色方面主要是甲状腺癌联合根治术（功能性颈淋巴结清扫术）；腔镜下甲状腺肿瘤切除术，为年轻女性，减少手术瘢痕，保持美丽容颜；中西医结合治疗甲状腺功能低下，甲状腺炎。科室为难治性癌痛规范化诊疗示范基地，在中西医结合治疗难治性癌痛，具有独特的优势和特色。