儿童保健科是甘肃省权威的省级儿童保健专业技术指导机构、新技术培训中心、托幼机构卫生保健工作指导管理中心，是集保健、科研、管理、教学为一体的专业科室。科室常年致力于推动全省儿童保健健康事业的发展，长期开展儿童体格、营养、发育与心理行为、康复等保健技术的研究开发、引进国内外先进的保健教育新理念及各种专业技术手段，由资深儿童保健专家坐诊，为父母和儿童提供全面的、一流的、系列的健康促进服务，促进儿童全面发展。目前科室共有主任医师3名、副主任医师3名、主治医师3名，各类测评及康复治疗护理人员13名。年门诊量达十万人次。科室现有生长发育专科、营养专科、心理行为专科、高危儿管理专科、矮小症专科。近年来，年后选派科室医务人员至美国、新加坡、台湾等国家及地区进修学习，参与国际及国内学术交流，学术气氛浓郁。