药物研究所成立于1997年，是以创新药物的基础研究、应用基础和应用开发研究为主的综合性研究部门，系由甘肃省医学科学研究院前药物化学研究室、药物分析研究室、植物化学研究室、生药研究室、中药制剂研究室合并而成。目前拥有国家中医药管理局中药分析三级实验室和中药制剂二级实验室，系兰州大学、兰州理工大学、甘肃中医学院硕士研究生培养点。药物研究所由石晓峰主任药师、王永昌副研究员、张芳红副研究员、沈薇副研究员等各级研究人员组成科研团队，建立了地产中药开发利用平台，拥有瑞士BüCHI制备型高效液相色谱仪、Aglient1100高效液相色谱仪、Aglient6890气相色谱仪等先进的科研仪器；主要研究方向包括创新药物研究，陇药二次开发，以及地产药材的种植关键技术的研究，有效成分的分离分析，中药质量标准的建立。近5年来，药物所承担完成各类科研项目10余项；荣获甘肃省科技进步二等奖1项、三等奖1项，甘肃省皇甫谧中医药科技二等奖2项、三等奖2项，兰州市技术发明三等奖1项；出版学术专著1部，在国内外学术期刊上发表论文70余篇，其中SCI6篇；获得国家发明专利2项。