消化内镜中心建筑面积350㎡，主要包括候诊区、洗消间及四间检查室。消化科内镜中心配备有国际最先进的Olympus290电子胃镜、肠镜、海德威14C呼气-尿素酶检验仪及爱尔博电外科工作站300D。承担着胃镜、肠镜、无痛胃肠镜及幽门螺杆菌检查工作，同时开展消化道早癌筛查、内镜下鼻空肠管置管、内镜下消化道出血止血术、内镜下异物取出术、内镜下消化道息肉电切术、内镜下黏膜切除术（EMR）、内镜下黏膜剥离术（ESD）、食管胃底静脉曲张内镜下套扎术(EVL)及硬化术（EVS）等内镜下治疗。内镜中心共有5名医生，其中高级职称3人，中级职称2人；护师3人。完成省级科研4项，参与编著论著6部，发表国家级、省级论文18篇，获得兰州市科技进步二等奖1项。