病理科始建于1969年，是陇南市最早建立病理诊断的单位。2016年成立了陇南市病理学会、陇南市病理专业医疗质量控制中心。2008年独立建科。科室现有主任医师一名、主治医师两名，住院医师一名，技术员四人。人员梯队完善，结构合理。科内配备德国徕卡全套病理设备，奥林巴斯高清研究级显微镜五台，美国伯乐PCR扩增仪等分子检测仪器。朗珈病理专业资料管理与质控网络系统。2009年率先在我市开展免疫组化染色的辅助诊断，开展了液基薄层细胞学诊断。2010年开展了宫颈HPV-DNA基因分型检测，2016年相继建成了分子生物学实验室，其中10万级净化的PCR实验室成功获得甘肃省临检中心的认证，同年开展了宫颈人类乳头状瘤病毒癌基因E6/E7mRNA的检测，成为甘肃省第一个开展此项目的单位。2016年成为国家卫计委远程病理会诊试点单位。2018年与国内知名基因检测机构联合开展了无创DNA、不孕不育等多项基因测序检测，并开展了叶酸代谢基因检测。获陇南市市科技成果奖4项，在国家级、省级杂志发表论文十余篇。2013年与西北民族大学医学院联合取得国家自然科学基金项目《全球宫颈癌死亡率最高区-甘肃武都宫颈癌人乳头状瘤病毒型别、基因表达及其与DNA损伤修复蛋白的关系》的课题。