呼吸科是吉安市医学领先学科，由上海常驻专家主持和指导工作，每月都会有呼吸科主任医师来吉安坐诊。目前开放床位55张，医护人员31人，其中医师17人(上海专家9人)，正高6人，副高2人，中级4人，初级5人；硕、博导4人，博士4人，硕士6人。作为井冈山大学医学院附属医院，呼吸科承担教学和实习带教任务，也是国家全科医师规范化培训基地。已开展肺功能检查、支气管镜下诊治、无痛支气管镜、经皮肺穿刺、放疗等项目，为广大吉安患者解除病痛。