脑外科是我院重点建设学科之一，是南昌市颅脑损伤、急重性脑血管疾病的主要救治基地；是南昌大学神经外科学科的主要医疗、教学、科研基地之一。科室技术力量雄厚，设备齐全，拥有F-40莱卡手术显微镜、双C臂大型DSA等国际先进的手术设施。开展了显微神经外科、血管内介入治疗、颅脑创伤等项目。目前科室有高级技术职称5人，其中博士1人，硕士4人。脑外科承担南昌市颅脑损伤、急性脑血管疾病的医疗急救工作，在颅脑损伤、脑出血等疾病治疗方面达到国内先进水平。于1995年在在省内率先开展了脑动脉瘤栓塞以及缺血性脑血管病的介入治疗工作，效果良好，为众多患者解除了痛苦。脑外科在江西省率先系统开展锁孔显微血管减压术治疗面肌痉挛、三叉神经痛、舌咽神经痛等颅神经疾病，手术创伤小，效果良好，在省内处于领先水平。