我院开展真菌病研究和治疗历史久远，早于上世纪60年代，医院以原检验科为重要力量，开展真菌病研究和头癣防治工作，1980年南昌地区宣布达到基本消灭头癣。2006年，原检验科分支正式设立真菌科。真菌科现有工作人员7名，其中医生1名、检验人员4名、科研助理2名；博士1名，硕士2名。2007年被授予江西省医学领先建设学科，2011年被授予江西省医学领先学科、2013年被列为南昌市重点扶持学科。2016年，全面负责医院中心实验室（医院检验相关科研和教学基地）。近年来，真菌科加大科研力度，获得1项国家自然科学基金，10余项省市级科研课题，完成3项成果鉴定、2项新技术引进并验收，发表SCI论文15篇。同时，不断完善科室功能，逐步形成集真菌病预防、诊疗、检验、教学为一体的综合性科室；加大交流合作，系江西金域检验真菌检测委托单位、中国医学科学院皮肤病研究所医学真菌中心、荷兰皇家科学艺术学院真菌多态性中心、广东省疾控中心公共卫生学院合作单位。真菌科（包括中心实验室）拥有实时定量PCR、API、图文成像报告等三十余台检验设备仪器，总价值100余万元。目前可开展真菌镜检（包括普通KOH镜检和免疫荧光检查）、真菌菌种鉴定、酵母菌生化鉴定、真菌药敏实验和疑难罕见病例分子水平鉴定，为临床实现精准治疗提供有力的实验室支撑。