赣州市中医院肛肠科是国家中医药管理局"十二五"重点培育专科、江西省重点中医专科、赣州市医学重点建设专科、赣州市肛肠学会挂靠单位，为江西省赣州市历史最为悠久，规模最大的独立肛肠专科，获得多项"肛肠疾病的中医药预防与治疗"研究成果，在社会上具有较高的声誉与影响力。赣州市中医院肛肠科共7名医生，其中名老中医一人，高级职称2人，中级职称2人，硕士研究生1人。开设病床数32张，超声雾化熏洗机2台，结肠水疗仪1台，肛肠疾病治疗仪1台。本科室在赣南地区率先开展混合痔外剥内扎硬注术、肛裂切除术、内括约肌松解术、肛周脓肿一次性根治术、肛瘘切除术，并在临床运用中不断改良，具有创伤小、疼痛轻、有效地保护肛门功能、愈合时间短、治愈率高等特点。尤其在直肠脱垂、直肠阴道瘘、肛周化脓性汗腺炎、肛周坏死性筋膜炎、肛门狭窄、肛门畸形等肛肠科疑难病的诊断与治疗中，具有独特的手术优势。另外在肛门湿疹、肛门瘙痒症、便秘、腹泻等疾病的治疗以及肛肠疾病术后换药中，发挥着独特的中医药特色，如：痔疮膏、湿毒膏、三黄膏、金黄膏、肠炎散、生肌纱条等；其中运用中医药物诱导排便习惯形成治疗功能性便秘的方法在便秘的治疗中取得了满意疗效，且避免了药物依赖和副作用。