我院消化内科是国家消化系统疾病临床医学研究中心平谷医院基地，是我院临床重点专科，"京东京津冀消化内镜协同发展中心"及平谷区"消化内镜高层次人才工作室"设在内镜中心，并牵头成立了"京津冀基层消化内镜联盟"。科室设有消化科病房、门诊、内镜中心，共有床位41张，医护人员36人，年门诊量5万余人次，出院病人数1900人次，年内镜数量1万余例，承担医疗、教学、科研、内镜培训等任务。目前，科室有硕士研究生导师3人，高级职称8人。内镜中心成立于1993年，配备先进的内镜设备，能够开展各种内镜检查，包括胃镜、结肠镜、十二指肠镜、气管镜、NBI+放大内镜、经鼻胃镜、超声内镜、胶囊内镜、双气囊小肠镜、经皮胆道镜检查；以及各种内镜下治疗，包括内镜下止血、息肉切除、异物取出、扩张、消化道支架放置、食道静脉曲张套扎、胃石碎石、小肠营养管放置术、内镜辅助下经皮胃造瘘、内镜下粘膜切除术（EMR）、内镜粘膜下剥离术（ESD）、内镜逆行胰胆管造影术（ERCP）、消化内镜隧道技术、内镜逆行阑尾炎治疗术（ERAT）、内镜-腹腔镜联合技术等。多次举办大型会议；完成国际合作项目、市科委重点项目、首发基金等十余项科研。2009年开始借助"模拟医院"的优势，进行消化内镜各种治疗技术的培训，目前已经培训了来自全国各地医生600余名。依托"区办市管、两院一科"的平台，成立了"北京友谊医院消化专家工作站"，首席专家是北京友谊医院院长张澍田教授。北京友谊医院消化科的王拥军教授受聘为执行主任，定期来我院出诊、查房及内镜操作。科室多次被评为先进科室、科室管理优秀奖、优秀护理科室等。