神经外科正式成立于2003年，目前共两个病区82张床位，包括神经外科重症监护室床位12张，共有专科医师16人，主任医师5人，副主任医师3人，博士1人，硕士6人，护士32人。科室设备齐全，包括神经外科手术用的显微镜一台，神经内镜设备一套，神经外科开颅器械和显微神经外科器械多套，心电监护仪23台，神经功能康复设备一套，脑功能治疗仪一台。开展了颅脑损伤、脑血管病（高血压脑出血、动脉瘤、动静脉畸形等）、颈动脉及锁骨下动脉狭窄、颅内肿瘤（胶质瘤、脑膜瘤、垂体瘤、听神经瘤等）、椎管内肿瘤、椎间盘突出、神经干肿瘤、糖尿病周围神经病变、尺神经炎、三叉神经痛、面肌痉挛、颅骨缺损、脑积水、头皮和颅骨肿物等多种疾病的诊治工作。神经外科在脑血管病及颅脑损伤的诊治方面达到了较高水平，目前开展的治疗颅内血肿微创技术有神经内镜下血肿清除、硬通道穿刺血肿清除和软通道穿刺血肿清除技术，微创穿刺治疗高血压脑出血方面曾获平谷区科技进步三等奖、科技进步一等奖和卫生部推广项目《颅内血肿微创清除技术》推广奖。在应用神经介入技术治疗复杂颅内动脉瘤及血管狭窄方面积累了丰富的经验，开展了颈内动脉瘤伴颈内动脉狭窄、复杂颅内动脉瘤、创伤性颈内动脉海绵窦瘘、颈动脉及锁骨下动脉狭窄等疾病的介入治疗。开展了复杂颅脑损伤的手术治疗，通过开放急诊绿色通道明显缩短了重型颅脑损伤患者的抢救时间，使抢救成功率明显提高。神经外科在承担首都医科大学的临床教学及实习工作同时，也开展了多项科研工作，参加了北京市自然基金课题——《颅内血肿扩大与预后相关性课题》、国家"十一五"重大支撑项目子课题——《出血性脑血管病及淀粉样变脑血管病研究》及《去骨瓣减压术治疗大面积脑梗死》等科研项目，负责北京市委、市政府重点工作区县级应急项目——《多种疾病动物模型的建立研究》课题中脑室内出血及脑栓塞疾病模型的研究，共发表论文40余篇。多次成功举办各类学术会议。神经外科同时还拥有一支优秀的护理团队，为病人的治疗、康复提供了良好条件。2011年被卫生部评选为"优质护理服务示范病房"。按照医院"两院一科"的指导方针，在北京友谊医院神经外科的大力支持下，神经外科在各方面均取得了快速的发展，由友谊医院神经外科刘藏主任率领的专家团队不定期来院会诊及手术，进一步提升了神经外科的水平。