脑功能康复与成像研究所成立于2011年，现为四川省卫健委医学乙级重点实验室。研究所定位于神经-影像-功能调控交叉领域，面向"疑难神经、精神疾病的早期影像诊断、治疗"这一主题，围绕脑疾病发病的影像学机制、脑刺激技术对脑疾病的功能调控、临床神经功能康复及临床转化应用三大方向开展研究。研究所现有外国高端人才A类专家、四川省"天府友谊奖"获得者、四川省医学甲级重点学科带头人、高级研究科学家、博士后/博士、硕士研究生等专职研究人员。此外，研究所承担高级技术人才及川北医学院、西南医科大学硕士研究生培养任务，培养技术骨干、硕士研究生等60余人，同时与美国哈佛大学、北京大学保持长期的学术交流与合作。研究所现配备有脑刺激磁共振功能成像系统、丹麦进口MagProR30经颅磁刺激治疗仪、美国进口经颅电刺激仪、荷兰进口经颅磁刺激导航定位仪、肌电诱发电位仪等设备。与CT/MRI室合作基本可以实现对神经、精神疾病完整的影像检查、神经调控等的科研和临床转化体系。研究所主持、承担包括国家自然科学基金面上项目、中央财政"医改试点城市"资助项目、国家科技部重点研发计划项目、国家工业和信息化部项目、四川省科技支撑项目、四川省"天府高端人才引智计划"等科研项目30余项。发表专业学术论文50余篇，其中SCI论文20余篇。参编论著1部。获四川省医学科技奖（推广类）一等奖1项，四川省医学科技奖三等奖1项。研究所在国内率先开展了交互式经颅磁刺激功能磁共振成像技术，该技术的开展对实时、直观了解脑部经颅磁刺激对脑卒中后运动功能障碍、抑郁、焦虑、老年痴呆（AD）、失眠、记忆减退等多种神经、精神疾病神经调控机制及康复治疗效果，研究技术和成果国内领先。