医院重点临床科室之一，是由胃肠外科专业、肛肠外科专业和胸外科专业组成。科室设置床位40张，现有专业技术人员十余人，其中高、中级专业技术人员5人，先后发表学术论文20余篇，市级科研成果两项。多数医务人员曾在四川大学华西医院、四川省人民医院、成都中医药大学附属医院、川北医学院附属医院等进修学习相关专业知识。专科特色：胃肠外科专业及肛肠外科专业：主要开展治疗：胃肠道良恶性肿瘤、消化性溃疡并发症、肠瘘、肠梗阻、胃肠道发育畸形、急慢性阑尾炎、腹腔肿瘤、腹壁疝、腹股沟疝、普通外科急腹症以及各类型痔疮、急慢性肛裂、肛周脓肿、肛瘘、直肠脱垂、直肠前突、肛门及直肠狭窄、肛管良恶性肿瘤、各类型便血、各类型便秘等疾病规范诊治和手术治疗。其中肛裂和痔疮微创手术治疗居于本地区领先水平。普胸外科专业：主要开展食管、贲门、支气管、肺、纵隔、胸壁、胸膜及胸膜腔等外科治疗,能够进行下、中、上段食管癌、贲门癌根治术、肺癌肺叶及全肺切除术、膈肌破裂修补、血气胸治疗、肋骨骨折固定的外科治疗。手术切除率高，综合治疗效果好，并在普胸外科肿瘤的综合治疗方面取得满意疗效和成熟的经验。