保卫部是根据《国有企事业治安保卫工作暂行规定》中的规定，保卫部应履行的职责，负责对医院财产安全和消防安全进行监督和检查。保障医院的教学，科研、医疗秩序的正常进行，创造一个良好的医疗环境。主要工作分为治安安全管理、消防安全管理及综合管理工作。四川大学华西第二医院保卫部（原华西医科大学附属第二医院保卫科），1991年5月正式成立，履行本院医疗、教学、科研工作范围的消防安全、治安安全、秩序等管理职能；协助医务部调解医疗、医患纠纷；配合地方政府相关部门开展社会综合管理、消防、人防、交通、户籍、城管、公安刑侦等工作。十多年来，成绩突出，保证了一方平安，先后多次被评为市、区、先进单位。