口腔病理科是1921年由加拿大学者刘延龄教授（R.CordenAgnew）在当时的华西协和大学创建的，是中国最早成立的口腔临床病理诊断科室。主要承担我院临床病理诊断，开展常规病检、快速冰冻活检、针吸细胞学活检及免疫组织化学等检查，并接受国内外疑难病例会诊。年诊断病例数位于全国口腔病理界前三位。科室有教授2人，副教授2人，中级职称3人，初级职称1人。科室拥有全套一流的仪器设备，是全国口腔病理界配置最佳的口腔病理科之一。在口腔合面部疾病特别是口腔粘膜病，涎腺肿瘤和牙源性肿瘤的病理诊断水平属国内一流。