由于医院发展的需要，九院于2009年12月3日重建呼吸科，建科伊始就收治—例甲型H1N1流感重症患者，在当时是传染风险大、死亡率极高的疾病，经全科医护人员不辞辛劳的努力之下，患者度过危险期，康复出院，呼吸科也因此被评为《奋不顾身抗击甲流》荣获2009年下半年度九院精神文明十佳好事。2017年5月，呼吸科完成了南北合并，医，教，研实力得到极大提升。目前南院呼吸科有床位16张，包括重症监护室床位2张，除开设呼吸科普通和专家门诊外，还开设戒烟门诊;拥有电子支气管镜检查系统、无创和有创呼吸机，心电监护仪，电动雾化器，床边肺功能等先进设备。2010年开展成立支气管镜室，开展纤支镜检查。2012年，肺功能室归入呼吸科，经过不断学习，目前可以开展几乎所有的慢性气道疾病肺功能检查及呼吸睡眠监测，现有专科医生9人，其中主任医师1人，副主任医师1人，主治医师7人，技术人员2人。目前主要收治哮喘、慢性阻塞性肺疾病（慢性支气管炎、肺气肿)、肺心病、呼吸衰竭、肺癌、肺部感染、胸腔积液、气胸、肺间质纤维化、肺栓塞及其他肺血管疾病;擅长哮喘、社区获得性肺炎和慢性阻塞性肺疾病（COPD)的规范化诊治，肺部肿瘤的早期诊断和规范化治疗，纤维支气管镜检查（常规检查、刷检、活检、支气管肺泡灌洗、经纤维支气管镜肺活检等)。北部呼吸科成立于2004年，以呼吸道感染性疾病诊治和电子纤维支气管镜下操作诊疗为主;2006年建立呼吸科监护病房(RICU);主要为大内科危重病患者服务;2007年建立睡眠亚专业，以博士领衔，开展呼吸睡眠障碍疾病的临床诊疗;2008年重点开展慢性气道疾病的临床和科研工作;2012年科室为区域性二级医院提供人员和技术服务工作;2014年10月开展精准肺功能检测项目:闭合容积、小气道测定项目开展，精准诊治慢性气道疾病，为手术安全提供保障;2015年11月呼吸科门诊治疗室建立。主要为慢病宣教、药物及家庭治疗仪指导使用、康复、雾化等提供服务。目前有RICU床位5张，普通病房床位18张，特需床位2张。现有专科医生8人，包括副主任医师3名、主治医师5名(（其中:博士1名，硕士研究生4名，本科3名)。科室以医院总体目标为导向，调整服务方向，积极参与全院呼吸睡眠障碍MDT;大力开展内镜下的诊疗;为重点学科术前术后的呼吸道管理提供服务。近年科室获得国家自然基金3项(青年)、交大医学院基金1项，上海市局级课题1项，区级课题4项(其中合作2项)以及多项高校青年教师（医师）培养资助;发表了多篇SCl和核心期刊文章，参编7部著作;市级继续医学教育学习班2期，国家级继续医学教育学习班4期。科室目前参与负责交通大学医学院临床教学工作，承担交大医学院九院临床医学院和口腔医学院的诊断学和内科学呼吸系统部分的授课和带教工作，作为第一批上海市内科住院医师培训基地之一，从2010年8月开始接收内科住院医师进行培训。