儿童保健科位于独立的儿童保健院区，占地6.86亩，业务用房2600平方米，具有安全、方便、温馨、舒适的特点，环境颜色及装饰符合儿童心理发育需要，是四川省儿童早期综合发展示范基地、市儿童保健（基层、妇幼）质量控制中心、市儿童保健专业技术指导中心、新技术培训中心、托幼机构卫生保健工作指导管理中心；也是全市唯一具有高危儿管理职责与资质的机构。科室处于全市高危儿管理网络的顶端，具有国内领先的管理、监测系统及全套发育评估系统，能超早期发现生长与发育偏离婴幼儿，并给予及时、科学的干预。科室现有人员33人，主要由儿童保健专业医生、护士、儿童早教老师、心理咨询师、营养师、儿童康复治疗师等组成的专业团队。设置有预防接种组、新生儿保健组、生长发育监测与指导组、儿童营养与喂养指导组、高危儿管理组、儿童五官保健（眼、耳、鼻、喉、口腔）组、儿童内分泌组、儿童康复组、儿童中医保健组、儿童早期综合发展组等具有特色的亚专业和专科门诊。目前开展项目有儿童健康检查、母乳成分分析、骨密度检查、体成分分析、儿童眼底筛查、计划免疫、韦氏智力测试、Gesell测试、儿童抽动症、孤独症、多动症测试等心理行为检查、婴儿水疗、抚触、感觉统合测评与训练、语言训练、认知训练、脑瘫及运动发育落后儿童康复训练、儿童中医适宜技术保健等百余项。