内分泌代谢性疾病科是巴中地区重点专科，已经于2015年1月通过四川省卫计委重点专科申报的评审。1997年率先在巴中地区开展内分泌及糖尿病诊治，开放床位50张，现有医护人员33人。有主任医师、教授2人，主治医师7人，硕士研究生3人，医师1人。主任护师、教授1人，副主任护师1人，主管护师1人，护师3人，护士17人。有省市各专委会主任委员、副主任委员各1人，委员6人。科内医护多人先后到多家上级医院进修学习，形成了巴中地区集医教研为一体的内分泌糖尿病诊治中心。本专业配备了先进的糖尿病、甲状腺疾病及骨质疏松检测仪器。主要开展糖尿病、糖尿病足、甲状腺疾病、骨质疏松症、痛风等内分泌及代谢性疾病的临床及科研。科室长期承担川北医学院、成都医学院、达州职业技术学院等大学生临床教学任务，是巴中地区基层医务人员的进修、全科医师转岗培训及住院医师规范化培训基地。多年来，为高校和巴中地区培养了大批专业人员。共发表科研论文40余篇，获市区科技进步奖3项。科主任：马昌军，主任医师、教授，四川省内分泌暨糖尿病专委会第一届青年委员，巴中地区内分泌暨糖尿病专委会第二届主任委员，同时任巴中市中心医院副院长。对疾病诊治有独到见解，发表医学学术论文10余篇。护士长：蔡晓芹，主任护师、教授，川北医学院兼职教师，糖尿病专科护理小组成员，中华护理学会会员。发表论文10余篇。