消化科拥有独立的病房、门诊、内镜中心，胃肠动力室，是集临床、科研、教学为一体的科室。是上海市儿童肝病中心、儿童胆胰疾病诊治中心。本科现有专科医生10名，其中正高1名，副高2名，主治医生3名，高年住院4名，博士学位2人，硕士学位7人。参与研究生的培养工作，是硕士研究生培养点。消化科门诊量超10000人/年，胃肠镜检查2000余例/年，ERCP手术年100余例/年，ERCP手术数量以及手术难度居全国儿童医院前列。对儿童肝胆胰腺疾病、急慢性腹泻、消化不良、婴儿牛奶蛋白过敏、腹痛、呕吐、嗜酸细胞性胃肠炎、过敏性胃肠炎、胃食管反流、消化道出血、幽门螺杆菌感染、胃炎、消化性溃疡、炎症性肠病、急性胰腺炎、慢性胰腺炎、复发性胰腺炎、胆汁淤积性肝病有相当丰富的诊治经验。胃肠镜检查涉及青少年、婴幼儿以及新生儿，同时开展内镜微创治疗：消化道息肉摘除、经皮内镜下胃造瘘术、消化道异物取出、食管狭窄扩张、食道胃底静脉曲张出血圈套以及硬化剂治疗、ERCP、十二指肠隔膜切除等微创治疗，拥有胶囊内镜、24小时食管pH值检测、肛门直肠测压、食管测压技术，临床诊疗技术水平位于国内前茅。