上海市东方医院南院胃肠肛肠外科是以胃部疾病与结直肠肛门疾病与的诊断与治疗为特色，集医教研于一体专业化科室。在我国著名结直肠外科专家傅传刚教授、宋纯教授的指导下，科主任蒋小华教授的带领下，专科总体临床服务能力与技术水平处于国内先进水平。目前有床位41张，医师9名，其中主任医师2名、副主任医师3名，其中博士7名。拥有一支专业素质的医疗及护理队伍，年门诊病人约1.5万人次，收治病人2000余人次，手术1500余例。目前承担有本科生、研究生、规培生、专培生、进修医生等各类教学任务。科室为同济大学、南京医科大学、大连医科大学博士、硕士学位授予点，拥有博士研究生导师1名、硕士研究生导师3名。在读博士及硕士研究生十余人。科室先后承担国家自然基金4项，上海市及浦东新区级科研课题多项，近年来累计发表SCI论文20余篇，总影响因子>100。科室以胃肠道肿瘤、代谢减重手术及肛周疾病诊治为主要业务方向，以微创治疗为主要特色。在国内率先开展局部晚期胃肠癌的新辅助放化疗联合腹腔镜微创手术，病人获得较好的远期生存。针对不同病期的胃肠癌患者，制定个体化精准治疗方案，贯彻快速康复外科理论，极大提高手术根治率，降低复发率，提高术后生存率。针对早期胃癌，提出精准保功能胃外科手术，其中近端胃癌的腹腔镜下的近端胃切除联合贲门重建手术、胃中段癌的腹腔镜下保留幽门胃切除术、以及保留超小胃的远端胃切除术，使病人生活质量得到明显改善。在直肠癌超低位保肛及扩大清扫方面亦有独到的特色。近年来，在胃肠道良性疾病方面，针对肥胖及伴有代谢性疾病（糖尿病、高血压、睡眠呼吸暂停等），开展多学科联合诊疗及减重代谢外科手术，积累了丰富的经验，取得了很好的治疗效果；在肛肠疾病如果痔疮、肛瘘方面开展PPH、TST等先进技术，病人术后效果满意。