上海市东方医院儿科自1920年建院起就开始为儿童提供医疗服务。是国家儿童医学中心（上海儿童医学中心）分部，浦东新区儿科医疗联合体早期生长发育促进示范基地。2015-2016年度获评“浦东新区三八红旗集体”。目前南院儿科共有医生13人、护士16人；有高级职称者7人，硕博研究生比例占46%。开设有儿科普通门诊、儿科急诊、特色专科门诊、儿童保健门诊、专家门诊和特需服务，并有住院部收治急重症病患。全年无休，诊治0-16岁小儿常见病、多发病及疑难杂症，为儿童的健康成长保驾护航。并实行24小时产婴保障，建立儿童健康成长档案，负责危重患儿的监护、抢救和转运。重点开设儿童哮喘及过敏性疾病专科、儿童内分泌疾病专科、儿童生长发育等特色门诊。开展肺功能检查、吸入气一氧化氮测定、吸入物及食物过敏原测试、尘螨脱敏治疗以及雾化吸入治疗。对性早熟、矮小症儿童进行生长激素激发试验、GnRH激发试验等专业检查，并系统性规范性治疗相关疾病。开展特色中医治疗技术，对儿童常见病进行中西医结合治疗。