上海市东方医院两院区感染科分别设有发热门诊、新冠筛查门诊、肝病门诊、肠道门诊，以及病房，同时开设脂肪肝合并糖尿病MDT门诊、乙肝母婴阻断门诊、丙肝门诊等专病门诊。是中国降低乙肝患者肝癌发生率研究（绿洲）工程项目分中心医院、中国公共卫生联盟、中国消除丙肝联盟公益项目诊疗基地、肝博士科普教育基地、全国脂肪肝规范诊疗中心、全国脂肪肝数据管理中心建设项目实施单位、乙肝母婴零传播工程项目医院、长三角中医肝病协作联盟合作单位。感染科有着一支工作认真负责，医疗技术精湛，医德医风高尚，受过传染病专业培训的的高素质医生、护士队伍。共有医护人员22人，其中主任医师2人，副主任医师2人,博士2人，硕士5人。感染科承担着传染病的初筛、救治、传报及转运工作。同时，还承担传染病的防治和突发公共卫生应急事件救治。科室主要诊治各型肝病（病毒性肝炎、脂肪肝、药物性肝炎、自身免疫性肝病、肝衰竭、肝硬化、肝内胆汁淤积等），以及不明原因发热、感染性腹泻等。目前，南北两院肝病门诊开展新技术—肝脏瞬时弹性成像，可以同时测定肝脏硬度值和受控衰减参数，实现定量检测肝纤维化、肝硬化和脂肪肝“一箭双雕”。承担感染性疾病的临床医疗、教学和科研工作。2019年7月成功申报成为首批全国“肝博士科普教育基地”之一，感染科主任屈莉红受聘成为科普大使，开展健康科普宣传教育活动，普及肝病科普知识、传播健康理念。2020年新冠肺炎疫情爆发，2名医生驰援武汉，其他医护人员坚守岗位至今，在科主任屈莉红的带领下，感染科荣获“浦东新区工人先锋号集体”称号，屈莉红个人也获得“上海市抗击新冠肺炎疫情先进个人”称号、“浦东新区五一劳动奖章”、“浦东新区疫情防控工作先进个人”。