药学部是一个集药学服务、科研为一体的综合型药学部门，下设门诊药房、中心药房、临床药学室、西药库、结核病控制项目药品库，负责全院药品的调剂，药品的采购、供应，药品的质量控制等工作。开展了抗结核药物的血药浓度监测工作，评估药物在抗结核治疗中的效果及为不良反应的预测提供参考，对按照常规治疗方案治疗效果不佳的患者实现个体化给药。开展了抗结核药物靶向、缓控释等新剂型的研究。拥有的全自动前端萃取液相色谱（FLC-2420）在全国结防系统中首次应用，该设备将样品处理高度自动化与色谱自动化相结合，使原来繁琐、耗时的样品前处理简单化、智能化，测定范围广、种类多、准确可靠性更高。