湘雅二医院研究生教育在1978年国家恢复研究生教育时起步，经过了从无到有，从小到大，从弱到强的历程。医院目前拥有一级学科博士点2个，二级学科博士点24个，一级学科硕士点5个，二级学科硕士点24个；在岗博士生指导教师108人，硕士生指导教师255人；获全国优秀博士论文2篇，优博论文提名奖5篇，获教育部学术新人奖2人。研究生部在主管院长领导下，全面负责医院研究生招生、培养、学位授予以及就业指导工作，组织学位授权点的评估和申报、研究生指导教师招生资格认定，负责研究生学位论文管理和在职申请学位人员管理，并与研究生党支部合署办公，全面负责研究生思想政治工作。