儿童保健部由儿童保健科、儿童五官科、儿童康复科（中医儿科）、新生儿科（含NICU）、小儿外科、儿科（含PICU）及儿科门急诊组成。儿童保健科开设了群体保健专科、新生儿疾病筛查专科、儿童生长发育专科、儿童营养与喂养专科、儿童心理卫生专科、高危儿管理专科。是衡阳市"脑瘫儿童康复基地"、"省为民办实事贫困残疾儿童抢救性康复治疗定点机构"。目前部内拥有医务人员185名，其中高级职称32名，学科带头人为杨玉丽副院长。儿童保健部负责全市儿童健康管理，儿童保健技术指导、质量控制、儿童信息管理，继续教育培训工作和适宜技术的推广。对儿童的基本和重大公共卫生服务项目进行业务指导、督导和质量控制。儿童保健部以儿童健康为中心，提供新生儿期、婴儿期、幼儿期、学龄前期和儿童期等各个生长发育阶段的疾病筛查、疾病防治、门诊或住院诊疗、健康教育、儿童生长发育体格检查、营养评估及指导、儿童心理行为发育评估、五官保健等，针对评估发育落后及发育异常等儿童开展诊断和康复治疗。儿童保健部的服务宗旨是：关爱儿童身心健康，成就国家健康未来！为了儿童的健康，我们风雨无阻、全力以赴！