空军第986医院消化内科是原兰州军区消化疾病诊治中心，陕西省胃肠病诊治中心，空军军医大学硕士研究生联合培养学科，是空军军医大学国际交流示范点，是陕西省最早开展消化内镜检查和治疗的单位之一。科室技术力量雄厚，医疗特色鲜明，设备完善先进，诊疗操作规范，连续多年医疗收治数质量及特色手术量排名全院最前列。主要医疗特色包括：胆胰疾病的内镜下诊治(ERCP、PTCD、胆道镜)、消化道息肉、早癌、粘膜下肿瘤的内镜下诊治(EMR、ESD、ESE、EFR)、食道胃底静脉曲张的内镜下治疗(EIS、EVL、ESVD)、超声内镜检查及治疗术(EUS/EUS-FNA/EUS-BD)、消化道良恶性狭窄扩张术及金属支架置入术、幽门螺杆菌相关疾病诊治、炎症性肠病（IBD）诊治等。