肛肠外科是空军九八六医院重点培养的特色科室，现有医务人员14名，编制床位33张。科室强化科学管理，注重人才效应，在加强专业技术人才培养的同时，下大力引进肛肠疾病治疗领域现代化专科设备，如：韩国Dr.camscope成像电子肛门镜，ZZ-II600型肛肠综合治疗仪（HCPT），美国强生PPH肛肠吻合器，美国COOK痔疮枪，超声痔动脉多普勒治疗仪，同时引进西班牙大肠水疗机、药物离子熏洗治疗仪等设备。专科特色专科主治范围：内痔、外痔、混合痔、肛周脓肿、肛瘘、肛裂、肛乳头肥大、肛门狭窄、肛门湿疹、肛门瘙痒症、肛窦炎、肛门疣、直肠粘膜脱垂、直肠息肉、直肠肿瘤、便秘、慢性结直肠炎等。主要治疗方法包括PPH微创术、肛肠综合治疗仪治疗（HCPT）、COOK痔疮枪微创术、DHL超声多普勒引导下痔动脉结扎术等，术后康复采取中药薰蒸坐浴、中药保留灌肠、红光治疗仪、直肠肛门微波治疗仪等多种方式，形成了从检查诊断到多种术式选择及术后康复理疗为一体的特色治疗，满足不同患者的医疗需求。