肝胆胰脾外科成立于1999年，是宝鸡地区成立最早，现规模最大的以肝、胆、胰、脾疾病及微创外科为主的专业科室。是陕西省临床重点专科，陕西省肝脾疾病临床医学研究分中心。肝胆胰脾外科二科现有医生11人，开放床位47张。主要业务包含：肝癌的规范化治疗；门脉高压症的断流术；肝内胆管结石、肝脓肿、肝包虫病、肝血管瘤的手术治疗；肝门部胆管癌根治术、胰十二指肠切除术；急性重症胰腺炎的救治，胰管结石、胰腺囊性疾病的手术治疗；胰体尾癌根治术+脾脏切除术，保留脾脏的胰体尾切除术；胆肠吻合、胃肠吻合术；脾脏肿瘤、血液系统疾病的脾切除术；复杂肝脏、胰腺、十二指肠、脾脏外伤的急诊手术治疗。目前主要开展的微创技术为：腹腔镜胆囊切除术、腹腔镜胆总管切开取石和T管引流术、腹腔镜肝囊肿开窗引流术、腹腔镜肝脏肿瘤切除术、逆行胰胆管造影术（ERCP）、十二指肠乳头肌切开取石术（EST）、鼻胆管引流术（ENBD）、内镜下胆道支架置入术等。