榆林市第二医院内镜中心成立于1982年，从最早20平方米的纤维胃镜检查室发展到目前为集医疗、教学、科研于一体的现代化内镜诊疗中心，经过近30年的不断发展壮大，科室现占地面积约800平方米，环境优美、专科特色突出。科室现有医护人员15人，其中医生7名，硕士研究生3名，副主任医师4名，医师3名，技师3名，护士3名，洗消人员2名。内镜中心于2018年成为国家消化病诊疗中心榆林分中心，国家消化道早癌防治中心联盟，为西北首家中国医师协会基本消化内镜医师培训基地。内镜中心包括八个部分：无痛胃肠镜精查室、普通胃肠镜诊疗室、胶囊胃镜检查室、超声内镜检查室、ESD诊疗中心、ERCP介入诊疗中心、洗消间、复苏室。无痛胃肠镜精查室、普通胃肠镜诊疗室、胶囊胃镜检查室、超声内镜检查室负责内镜下检查诊断；通过NBI放大内镜和染色内镜发现早期食管胃肠癌；ESD及ERCP诊疗中心负责早期食管胃肠癌及胆胰疾病的内镜下治疗；复苏室负责术后及临床观察。内镜中心采用集中清洗消毒，配有国际最先进的清洗消毒系统，拥有全自动内镜消毒机及储镜柜，还装备全程过滤水供应系统及污物处理系统。主要先进配备：配备国际最先进的专业设备：奥林巴斯290电子胃肠镜、放大内镜、超声内镜、附送水泵、CO2泵、安翰磁控胶囊内镜及德国爱尔博电刀系统等。主要开展业务：无痛胃肠镜检查、胶囊胃镜检查、内镜下息肉切除术、经内镜碎石（胃石）术、经内镜空肠管置入术、消化道异物取出术、消化道出血内镜下止血术、食管狭窄扩张术、食管狭窄支架置入术、内镜下黏膜剥离术（ESD）、内镜下全层切除术（EFR）、经内镜黏膜下隧道肿瘤切除术(STER)、经口内镜下肌切开术（POEM）、超声内镜检查（EUS）、逆行胰胆管造影（ERCP）、十二指肠乳头括约肌切开术（EST）、胆道支架置入术、胆总管取石术、内镜下鼻胆管引流术（ENBD）等多种先进诊疗技术。