胃肠外科是陕南成立最早的专业科室，在普通外科领域特别是胃肠外科的基础研究、临床实践、科研教学方面取得过丰硕的成果，在业界享有良好的声誉，占有一定学术位置，同时疝与腹壁外科专业发展迅速，引领了本地疝与腹壁外科领域的发展。胃肠外科多年来以微创外科为发展方向，早年就独立开展了陕南首例腹腔镜下胃癌根治术、腹腔镜下结直肠癌根治术、腹腔镜联合胆道镜保胆取石术等高难度手术。科室常年开展腹腔镜下阑尾切除术、肠粘连松解术、小肠切除术、糖尿病以及减重手术等胃肠外科手术。2011年率先在陕南开展了腹腔镜下小儿腹股沟疝疝囊高位结扎术，近5年来累计治疗小儿腹股沟疝患者1000余例，具有创伤小、复发率低的明显优势。同时开展各类成人腹腔镜下腹股沟疝手术，如（IPOM、TAPP、TEP)等。同时大胆改革与创新，开展了直肠癌低位保肛手术，提高了直肠癌患者的生活质量。肛肠专业是我科的特色的专业，直肠粘膜环切肛垫上移术(PPH)治疗重度痔,具有微创，复发率低的优点。科室常年诊治肛裂、肛瘘、肛周脓肿、直肠粘膜脱垂等肛周常见病﹔溃疡性结肠炎、克罗恩病等大肠炎症性疾病﹔结直肠息肉等大肠肿瘤性疾病，肛门、肛管、直肠与会阴损伤﹔肛周湿疹、尖锐湿疣等肛周皮肤病及性传播疾病﹔功能性便秘、直肠前突、会阴下降、特发性肛门直肠痛、大便失禁、术后排便功能恢复等盆底功能障碍性疾病。胃肠外科在国内外权威性杂志上发表多篇学术论文，科室成员在全国各学术团体中任职。开展的《腹腔镜下小儿保胆取石术的临床研究》以及《腹腔镜下小儿腹股沟疝疝囊高位结扎术的临床研究》《直肠粘膜环切肛垫上移术治疗重度混合痔的临床研究》均获得科技进步奖。