眼科作为重点科室，有北京大学第三医院著名眼科专家长期坐诊、带教、开展各类手术。科室现拥有目前全球最先进的超声乳化仪，美国爱尔康Centurion超乳设备、日本TOMEYOA2000全自动三维扫频生物测量仪、德国MOLLERHIR900SLA眼科手术显微镜;瑞士OertliOS3超声乳化玻璃体切割一体机;日本TopconTRC-50DX眼底荧光血管造影仪，Topcon3D-OCT2000等价值千余万元诊疗仪器。科室开展眼科常见病多发病的诊疗手术（包括：白内障，青光眼、泪囊炎、斜视、上睑下垂、睑内外翻、翼状胬肉等）及玻璃体切割术，玻璃体腔内注药术，小儿眼病筛查与处理，眼部整形美容外科学等。采用中医药辨证治疗各种眼底病如：糖尿病等视网膜血管疾病引起的黄斑水肿、缺血性视神经病变、视神经炎、视神经萎缩等。"干眼症"中医特色门诊等。