医院于1997年成立审计部门。2003年10月，河南省机构编制委员会下发《关于河南省人民医院内部机构设置的通知》（豫编［2003］32号），明确审计处属于党政管理机构之一。现配置了专职审计人员8名，设置了财务审计、零星工程审计、建设项目跟踪审计、合同审计、专项审计、经济责任审计等岗位。其职能是依照国家有关审计法规政策以及医院规章制度，对医院本部和所属的二级机构、院中院（院中心）的经济活动进行审计监督，独立行使内部审计监督权，每年向医院职工代表大会提交审计工作报告。