病理科现有9人（诊断医师5人，技师4人），其中硕士6人，高级职称1人。拥有日本樱花封闭式脱水机、美国珊顿冰冻切片机及全自动染色机、Leica石蜡切片机、美国Roche全自动免疫组织化学染色机、美国Roche远程会诊系统、德国蔡司荧光显微镜等设备。开展常规活体组织及术中快速冰冻检查与诊断，免疫组织化学，原位杂交技术、FISH、PCR、二代测序等分子病理诊断，肌肉组织、骨髓组织活检，远程病理会诊等项目。年常规病理诊断1万余例，包括儿童各系统良恶性肿瘤病理诊断与预后评估、儿童消化道黏膜组织活检病理诊断、皮肤组织病理诊断。现已形成了具有自身特色和学术风格的专业。