呼吸科是同济大学博士、硕士学位授予点，国家卫生部新药临床研究基地及上海市住院医师培训基地，承担同济大学医学院及南京医科大学、苏州医学院等的教学任务。学科带头人王昌惠教授，现为上海医学会呼吸专业学会委员、肺癌学组副组长、上海市康复医学会呼吸康复专业委员会委员，国家自然科学基金专业评委，世界肺癌协会和美国胸内科医师协会员。全科病床60张，设有重症监护室、呼吸病介入诊疗中心、肺功能室，配备荧光气管镜、超声内镜、冷冻仪、高频电刀chartis旁路通气仪等先进设备，开展了无痛气管镜检查、气道镜下电外科治疗及球囊扩张、支架置入、气管镜下肺减容术、哮喘热成形术等先进技术，达到国际同步、国内领先水平。科室开设了慢性咳嗽、睡眠障碍、戒烟、肺癌等专病门诊，建立COPD及哮喘资料数据库。近年承担国家及省部级课题6项、横向课题多项，发表论文70多篇。SCI收录近20篇。