长海医院泌尿外科是新中国成立后的第一批泌尿外科专业学科，1986年成为硕士学位授权学科，1993年成为博士学位授权学科和博士后流动站，2001年成为第二军医大学泌尿外科中心，2003年成立全军前列腺疾病研究所。2007年成为上海市重点学科和国家重点学科，并成为首批卫生部示范内镜诊疗技术培训基地。2008年成为上海市泌尿外科临床质控中心主任委员单位。2009年成为上海市泌尿外科专科医师培训中心及国家科技部"重大新药创制"专项临床评价技术平台。2011年成为"国家重点基础研究发展计划（973计划）"项目牵头单位，同年，获得教育部创新团队发展计划项目。经过半个多世纪的建设和发展，尤其是近10年来，学科迅速发展，成为集医、教、研为一体的国内领先的优势学科。学科现有教授4名，副教授10名，主治医师12名，住院医师10名，博导3人，硕导7人。博士学位22人，硕士学位10人，平均年龄36岁，学科梯队合理。科室展开床位100余张，年门诊量100000余人次，年手术量4000余例次，拥有２000余平方米的微创泌尿外科培训中心，包括独立的内镜模拟训练室、5间一体化手术室、尿流动力学检查室、腔内超声检查室、X线造影检查室等，包括达芬奇（daVinci）手术机器人系统及多品牌先进内窥镜设备等在内的各类仪器设备总价值４000余万元，是国内最大的微创泌尿外科培训基地之一。学科在前列腺癌的早期诊断、根治手术以及综合治疗方面处于国际领先水平，在泌尿系结石微创治疗，肾癌、膀胱癌的微创手术治疗以及肾移植、男科疾病的诊治等领域处于国内领先水平。相关诊疗技术成果曾获国家科技进步一等奖一项，国家科技进步二等奖一项，上海市科技进步一等奖、二等奖及军队医疗成果奖多项，科室曾两次荣立集体三等功，多次被评为先进党支部和先进科室，连续多年被总后勤部、学校评为"基层建设标兵"单位。