内镜室位于门诊三楼东区，总面积约900平方米，由以往分散于各个科室的消化内镜、呼吸内镜、鼻咽镜、宫腔镜，膀胱镜联合组建而成，集中设置、集中使用、集中管理。便于资源共享、统管，提高了业务活动率、设备利用率和经济效益。内镜室是集内镜下诊断、治疗、科研、教学为一体的综合性科室，是目前全市最大、设备最先进、检查治疗项目最齐全的内镜中心。内镜室共有数十余间诊疗室，其中分胃镜检查室、肠镜检查室、喉镜诊疗室，气管镜诊疗室，膀胱镜诊疗室和宫腔镜诊疗室，以及麻醉准备室和麻醉苏醒间。