呼吸内科建立于1992年，是院重点建设学科，从事急慢性呼吸道疾病和呼吸危重症的诊断治疗，是上海医学会COPD（慢阻肺）联盟和哮喘疾病联盟杨浦区组的组长单位。科室现有床位62张，包括9张呼吸危重疾病监护病床，配备有有创呼吸机2台和无创呼吸机12台；一间睡眠监测室，多导呼吸睡眠监测仪2套，拥有独立的支气管镜诊疗中心和肺功能检查室等。呼吸内科主要擅长呼吸危重症、肺部肿瘤、肺血管疾病等，及睡眠呼吸障碍监测与治疗管理。常年开展电子气管镜下开展支气管镜检查治疗、肺活检及床边支气管镜治疗、经皮肺穿刺活检等。年门诊量约80000余人次，年出院病人2000余人次。科室拥有人员梯队合理、经验丰富的医疗队伍，有医护技人员50余名，其中，主任、副主任医师6名，硕士以上学历人员约占医生的70%。同时拥有出色的专科带教医师团队，承担同济大学医学院医疗本科教育的呼吸内科学论授课，和内科医师规范化培训基地临床培训任务，并且是二军大、江西、南通医学院校的教学医院。呼吸内科是同济大学医学院博士、硕士研究生学位授予点。科主任、学科带头人郑翠侠，博士，主任医师，博士生导师，曾在哈佛医学院附属医院访问学习一年。担任中国医学教育协会肺癌委员会委员，上海市医师协会感染分会委员、上海市药学会药物治疗专业委员会委员等学术职务。主持国家自然基金面上项目2项及上海市科委自然基金等课题。主要开展肺癌的诊断与靶向综合治疗，和肺癌的分子发病机制研究。