昆明医科大学第二附属医院病理科成立于1988年，承担着医院的临床病理诊断和教学工作。现有工作人员20人，其中医生11名，技术人员9名；高级职称3人，中级职称3人。具有博士学位1人，硕士学位4人，硕士生导师1人。病理科工作面积500余平方米，按照卫生部《病理科建设与管理（指南）》要求，设有接诊室、标本取材、存放室，常规技术室、免疫组化室、细胞病理室、分子病理室、冰冻切片室、档案室、诊断室、图文报告室。有进口冰冻切片机（2台），石蜡切片机（4台），全自动生物组织脱水机（2台）、十人共览显微镜（1台），病理网络图文报告工作站等完善的病理制片、诊断先进设备。病理科人员以"优质、安全"为服务理念，每年承担近15000余例的组织病理学检查和5000余例细胞病理学检查，完成术中快速冰冻诊断1000余例，全省各地疑难病理会诊100余例。已开展140余项的免疫组织化学染色和10余项特殊染色技术，保障了病理诊断的准确性。累计培养省内病理进修医师、技术人员30余人。科室主要研究方向为肿瘤病理学，研究内容有：缺氧诱导因子-1表达促进肿瘤演进和耐药的机制研究（云南省自然科学基金）；缺氧诱导因子-1a与肝癌干细胞样细胞生物学功能关系研究（云南省科技厅-昆明医科大学联合基金）。