云南中医学院第一附属医院耳鼻喉科是全省唯一一所集国家级重点专科和国家级重点学科为一体的中西医结合耳鼻咽喉科科室，科室以医疗、科研、教学为一体的综合性科室。经过多年努力，耳鼻咽喉科发展成为具有中西医结合特色，又有重点专病的专业科室。其中鼻病研究、变应性疾病研究、咽喉病研究、耳鸣耳聋研究已形成体系。科室人员在年龄、职称和学历结构等方面形成了较为合理的学术梯队，学科现有教授2人(其中郭兆刚教授为云南省名中医)，副教授4人，讲师4人，具有博士学位2人，硕士学位5人，硕士生导师3人。本科室是国家食品药品监督管理局批准的国家新药临床试验专业点，参加国家级新药II期、III期临床观察20余项。《中医耳鼻咽喉学》和《中西医结合耳鼻咽喉学》已经成为云南中医学院的主干学科，学科科研究方向稳定，特色鲜明，现已成为国家中医药管理局"十二五"重点学科、重点专科建设单位。另外，本科室与广州中山大学第一附属医院耳鼻咽喉科医院合作，从1999年至今，聘请全国鼻内窥镜外科组组长、博士导师许庚教授、史剑波教授为客座教授，指导开展鼻内窥镜微创手术治疗鼻息肉、鼻窦炎、内翻性乳头状瘤、鼻腔、眶内肿物及脑脊液漏等疾病，培养了一批业务骨干。本学科于2012年成功申报并成为国家中医药管理局"十二五"重专科建设单位。